如何評估質(zhì)粒DNA的產(chǎn)量和質(zhì)量？

質(zhì)粒抽提過程中有很多步驟會影響最后的產(chǎn)量和質(zhì)量，那么如何評估質(zhì)粒DNA的產(chǎn)量和質(zhì)量呢？

目前使用分光光度法定量質(zhì)粒DNA和通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行質(zhì)粒DNA產(chǎn)率和質(zhì)量的分析是兩種最常用的方法。

溶液中的核酸濃度可通過260 nm的吸光度方便地進(jìn)行計算。A260的數(shù)值處于0.1至1.0之間時測量結(jié)果具有良好的重復(fù)性，但當(dāng)A260數(shù)值小于0.1或大于1.0的時候，結(jié)果的可重復(fù)性將顯著下降。而且，3.0以上的讀值是無法使用的，它可能會潛在導(dǎo)致對DNA質(zhì)量的低估。因此，為了獲得可靠的DNA分光光度定量結(jié)果，A260的讀值需要處于0.1至1.0之間。當(dāng)檢測小量DNA時，使用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行的定量分析可能更為可靠。

造成較低的產(chǎn)率和質(zhì)量的可能因素有很多。為了確定存在問題的環(huán)節(jié)，可于每一純化步驟都保留一小部分樣品，并通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行分析。

制備樣本

如各個實(shí)驗(yàn)方案和下列表格中所示，從澄清裂解液（樣本1）、流出液（樣本2）、QC洗滌緩沖液的混合組分（樣本3）和QF/QN緩沖液洗脫產(chǎn)物（樣本4）中各取出部分樣品。使用1倍體積的異丙醇沉淀核酸，并使用70%的乙醇洗滌該沉淀，充分蒸干后重懸于10 μl pH8.0的TE緩沖液中。 

樣本實(shí)驗(yàn)方案步驟MidiMaxiMegaGiga（極低拷貝數(shù)質(zhì)粒/科斯質(zhì)粒） QIAGEN-tip 100（極低拷貝數(shù)質(zhì)粒/科斯質(zhì)粒）QIAGEN-tip 5001240 μl120 μl120 μl75 μl600 μl750 μl2240 μl120 μl120 μl75 μl50 μl24 μl3400 μl240 μl160 μl120 μl200 μl120 μl4100 μl60 μl22 μl20 μl50 μl30 μl(制備產(chǎn)物占樣本量的百分比)2%0.40%0.08%0.02%1%0.20%

瓊脂糖凝膠分析

在1%的瓊脂糖凝膠中，對于各個質(zhì)粒純化步驟中的對應(yīng)樣品各加入2 μl進(jìn)行電泳。