RNA和DNA 提取實(shí)驗(yàn)中的問(wèn)題解決
2024-06-20 10:11 來(lái)源：上海遠(yuǎn)慕生物試劑
RNA和DNA提?。?/strong>
裂解：裂解公式可能因您要提取 DNA 還是 RNA 而異，但共同點(diǎn)是含有高濃度離液鹽的裂解緩沖液。
Chaotropes（離液劑）的作用：Chaotrope會(huì)破壞氫鍵及疏水間的相互作用。離液鹽包括鹽酸胍、硫氰酸胍、尿素和高氯酸鋰。
洗滌劑：除了離液劑外，裂解緩沖液中通常還有一些去污劑，以幫助蛋白質(zhì)溶解和裂解。
溶菌酶和蛋白酶K:根據(jù)樣品類型，也可以使用酶進(jìn)行裂解。蛋白酶 K 就是其中之一，實(shí)際上在這些變性緩沖液中效果較好；當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)變性增多，蛋白酶 K 的作用也會(huì)相應(yīng)增強(qiáng)。然而，溶菌酶在變性中不起作用，因此溶菌酶處理通常在添加變性鹽之前進(jìn)行。
RNA和DNA提取實(shí)驗(yàn)中的問(wèn)題
1.產(chǎn)量低
如果您遇到的 DNA/RNA 產(chǎn)量低于您對(duì)樣品的預(yù)期，則需要考慮許多因素。通常，這是一個(gè)裂解問(wèn)題。不完全裂解是產(chǎn)量低的主要原因。它也可能是由不正確的綁定條件引起的。確保使用新鮮的優(yōu)質(zhì)乙醇（100% 200 標(biāo)準(zhǔn)）稀釋緩沖液或添加到結(jié)合的步驟。劣質(zhì)乙醇或舊庫(kù)存可能已經(jīng)吸收了水分，并且濃度不正確。如果洗滌緩沖液制備不正確，您可能正在洗掉提取的 DNA 或 RNA。
2.低純度
如果提取的 DNA 被蛋白質(zhì)污染（低 260/280），那么您可能開(kāi)始時(shí)樣品過(guò)多，而蛋白質(zhì)沒(méi)有完全去除或溶解。
如果 DNA 的 260/230 比率不佳，則問(wèn)題通常是結(jié)合或洗滌緩沖液中的鹽分。確保使用最高質(zhì)量的乙醇來(lái)制備洗滌緩沖液，如果問(wèn)題仍然存在，請(qǐng)?jiān)俅蜗礈焐V柱。
與其他樣品相比，一些樣品含有更多的抑制劑。環(huán)境樣品特別容易出現(xiàn)純度問(wèn)題，因?yàn)楦迟|(zhì)在提取過(guò)程中會(huì)被溶解。
腐殖質(zhì)的行為與 DNA 相似，很難從硅膠柱中去除。
3.降解
降解問(wèn)題是RNA制備中常常到的問(wèn)題。因?yàn)樵?RNA 提取過(guò)程中，樣品儲(chǔ)存不當(dāng)或裂解效率低等情況都會(huì)導(dǎo)致降解。對(duì)于 DNA 提取，降解不是一個(gè)大問(wèn)題，因?yàn)閷?duì)于 PCR，DNA 可以被剪切并且工作正常，如果不希望有較多剪切的 DNA，可以使用弱裂解的方法。
PCR 清理時(shí)的注意事項(xiàng)
PCR 凈化其實(shí)并不是 DNA 提取技術(shù)本身，但它是一種效率高且簡(jiǎn)單的技術(shù)，它只是添加高濃度的結(jié)合鹽（通常每體積 PCR 反應(yīng) 3-5 體積鹽）和離心來(lái)過(guò)濾。
在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，PCR Clean-up 試劑盒出現(xiàn)故障也會(huì)導(dǎo)致整個(gè)實(shí)驗(yàn)功虧一簣。
因?yàn)樵赑CR 反應(yīng)中有較多吸收 260 度紫外線的物質(zhì)，比如：核苷酸、去污劑、鹽和引物。所以，PCR 凈化試劑盒經(jīng)常無(wú)法正常工作可能是由于 PCR 反應(yīng)失敗所造一般成較難清理。
![雙[三(羥甲基)氨基甲烷],CAS:6976-37-0](http://struc.chem960.com/strucimg/7000/ctzw0nzi34oyob9fnlmhiwee.png)
